捕捉神兽需要完成特定剧情或满足条件。通关二周目后,返回二周目的小镇,小镇后方有一个山洞,进入后即可捕捉创世神阿尔宙斯。部分神兽需要击败特定训练师或获得通行证,例如在雪柔市击败大吾后前往御龙市,城外右侧隐藏山洞中的训练师会提供橘子通行证。收集各城市强者的通行证是解锁部分神兽区域的关键步骤。
红蓝水都、三圣菇等神兽分布在特定区域。翡翠市向上冲浪可遇到40级红水都,临港市左侧海域或方圆市右侧湖泊可捕捉蓝水都。三圣菇中,黄圣菇位于临港市上方黄绮岛左侧,红圣菇在垂暮森林左下角,蓝圣菇则出现在方圆市左侧草地或荷析镇右侧沼泽。宝石神兽如海皇牙需潜水进入两个洞穴,古拉顿则需通过隐蔽小路进入山洞深处。
艾玛镇右上祁连洞窟深处可捕获岩神柱,葵门市右侧泽理洞窟内有钢神柱,斑斓市左侧冰暴洞窟则藏有冰神柱。黑白龙神兽中,捷克罗姆与雷希拉姆分别位于越冬山脉左右两侧,酋雷姆需在御龙市冲浪后沿416号道路新出现的路口上行。超梦位于蒸汽团基地左侧通道深处,收服后前往斑斓市左侧湖泊可触发梦幻捕捉剧情。
垂暮市房屋内对床按A可进入梦境世界捕捉达克莱伊,雪拉比则需在垂暮森林入口左侧寻找。玛娜菲需在联盟左侧海域潜水,通过新增台阶进入洞口。火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟需在奥利镇机场与驾驶员对话后前往北方岛屿,不同位置分别对应三种鸟类神兽。洛奇亚需在南方岛屿潜水后使用攀岩技能下行。
建议携带具备麻痹、睡眠等状态技能的宝可梦,以及可降低目标血量的刀背打技能。高等级精灵球如超力球、计时球能提升捕获概率,部分神兽需多次尝试才能成功收服。战斗时注意神兽的特殊技能组合,合理利用属性克制可降低对战难度。完成全神兽收集后,可进一步挑战世界联盟赛事。