祭祀是三皇五帝阶段里的特殊玩法,在进入剧本后会随着时间增加信仰值,当信仰值增加到满格后就能祭祀一次。另外还可以修建特定的建筑或者施行特定的政策来提升信仰值的增加速度,这样就能更快进行祭祀。在祭祀时可以从四位先皇里选择一个进行祭祀,祭祀后这个先皇的祭祀等级会提升一级。当某个先皇的祭祀等级提升到五级后可以获得他专属的技能卡,并且他的祭祀等级会重置,因此建议集中一个先皇进行祭祀。
祭祀每个先皇得到的效果和五级时得到的技能卡都是不同的,但是部分等级的效果是相同的。第一次祭祀伏羲和神农都是获得野兽,而第一次祭祀女娲和隧人都是获得青铜。先皇升到祭祀一级后再次祭祀得到的效果就会开始发生变化,包括增加居民、金钱、威望、粮食。兵甲等。玩家主要需要的是最后的技能卡,可以根据技能卡的效果来选择要祭祀的先皇。祭祀伏羲得到的是白虎卡,它能够让我方提升十秒的移速和攻击属性,适合戈士和徒兵使用。在使用前可以先把士兵都集中起来,这样可以让卡牌的范围覆盖所有的军队。祭祀女娲会得到青鸟卡,能够释放六秒的旋风把敌人都吹飞。它适合跟野兽搭配使用,当野兽进行突击时可以对敌人造成干扰。
祭祀隧人可以得到烛龙卡,选择一片范围使用后可以在里面生成雾区,在雾区里野兽会获得优势,而弓兵会被干扰。如果敌方的弓兵比较多的话就能使用这种卡,或者我方的野兽多也能使用。祭祀神农可以得到玄武卡,它可以增加我方的防御并回血。最后如果祭祀过多个先皇,那么再次祭祀任意先皇时有概率出现其他先皇发怒的事件,让玩家获得负面效果。