完成彩虹市的剧情后,玩家需要前往紫苑镇继续主线任务。从彩虹市向西行进,通过8号公路的地下通道可以快速抵达紫苑镇。紫苑镇的主要剧情围绕宝可梦塔展开,塔内需要解决火箭队事件并解救富士老人。这一阶段的关键道具是宝可梦笛子,用于唤醒后续地图中挡路的卡比兽。
离开紫苑镇后向南行进,在12号道路会遇到沉睡的卡比兽,使用笛子唤醒后可选择收服或击败。继续向南穿过13-15号道路,最终到达浅红市。浅红市的道馆馆主使用毒系宝可梦,建议准备超能力系或地面系宝可梦应对。浅红市右侧的野生原野区是获取稀有宝可梦的重要地点,完成原野区任务可获得冲浪术秘传技能。
获得冲浪术后,返回枯叶市港口使用圣安奴号船票前往红莲岛。红莲岛道馆需要解开机关谜题,馆主使用火系宝可梦。战胜馆主后获得徽章,可返回真新镇与大木博士对话,开启前往七之岛的支线任务。七之岛包含多个岛屿,需要完成包括寻找红蓝宝石在内的系列任务。
通关四大天王后,游戏进入二周目内容。玩家可前往华蓝洞窟捕捉超梦,或前往双子岛、无人发电厂等地点捕捉急冻鸟和闪电鸟。一岛灯火山顶部的火焰鸟也是值得收集的传说宝可梦。完成图鉴收集任务可触发与游戏开发人员对话的特殊剧情。
游戏后期重点在于完善图鉴和培养强力队伍。通过反复挑战四大天王提升宝可梦等级,利用战斗探测器重复对战训练家获取经验值。彩虹游戏中心的代币兑换、百货大楼的技能机购买等途径能强化队伍实力。合理规划宝可梦属性和技能搭配是应对后期高难度对战的关键。